開業したばかりで医療法人化にしても大丈夫でしょうか?

一般的には、出来ません。

一般的に医療法人化を行う場合は、各都道府県に対して申請を行い認可を受ける必要がございます。
都道府県によって異なりますが、個人開業にて2~3年を経過した後に、医療法人化の申請を受けるのが一般的でございます。
ただし、、例外もございますの。是非、一度ご相談ください。